Küsimus:
Millal ei suuda BLAST 2 DNA järjestust joondada?
ablmf
2011-12-17 01:07:09 UTC
view on stackexchange narkive permalink

See on ülesanne, mis oli mind juba pikka aega segaduses. Nii et arvan, et teie, arvutiarvestuse bioloogiat õppivad kutid, võiksite sellest huvi tunda Esialgne küsimus on järgmine:

Leidke kaks kõige sarnasemat DNA järjestust pikkusega 20, mida Blast sõna 5 pikkusega kasutades joondamine nurjub.

Kaks vastused:
#1
+14
user59
2011-12-17 01:56:42 UTC
view on stackexchange narkive permalink

BLAST töötab nii, et leitakse täiuslik vaste selle "sõna pikkusega" võrdsete pikkuste jadade vahel ja seejärel suurendatakse seda standardsel viisil - ometi ei toimu joondust ilma selle ideaalselt sobitatud sõnata.

Nii et teie puhul peate otsima kaks 20bp pikkust järjestust, millel pole ühist 5bp alamjärjestust; näiteks:

  AAAAAAAAAAAAAAAAAAAA  

ja

  AAAACAAAACAAAACAAAAC  
Jah, see on standardne vastus. Kuid pange tähele, et BLAST töötab valguga erinevalt. Sellepärast ajas see mind korraks segadusse.
Kas "sõna pikkus" == k-kahekordne?
@StudentT Täpselt k k-s.
#2
-1
user1503
2012-10-08 02:18:06 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Ma pole kindel, et saan BLASTist õigesti aru.

Kui kasutate BLAST-i DNA-s ja valgus, on need erinevad. Valgu "külvamise" etapis on künnis T, mis tähendab, et külvamisjärjestus pole ideaalselt sobitatud. Tundub, et külvietapil ei ole T-d ja me otsime täiuslikku vastet ja laiendame neid naaberjärjestusse.

Niisiis, kui nende 2 järjestuse vahel pole täpset sõna pikkust 5, siis BLAST ebaõnnestub.

Ma kardan, et ma ei saa aru, mida te siin öelda tahate. Kas saaksite palun täpsustada?


See küsimus ja vastus tõlgiti automaatselt inglise keelest.Algne sisu on saadaval stackexchange-is, mida täname cc by-sa 3.0-litsentsi eest, mille all seda levitatakse.
Loading...