Lühike vastus on see, et maisi genoom on suur ja sellel on tohutult palju dubleerivaid sündmusi. Ligikaudu 80% genoomist kordub. Suure dubleerimisega genoomide kogumine on keeruline, sest meie sekveneerimistehnoloogia võib parimal juhul anda ~ 500 aluspaari. Dubleeritud piirkondade järjestuse väljaselgitamine põhineb tellingute järjestustel või riisi genoomiga võrdlemisel.

Miks oli genoomi dekodeerimine nii märkimisväärne? Kuna genoomi dekodeerimine annab meile täieliku pildi organismi geneetilisest koosseisust.

Mis tegi selle nii keeruliseks ? Teiste inimeste mainitud korduvad järjestused on peamine probleem. Kujutise abil proovite teha suurt mõistatust miljonite tükkidega. Iga tükk tähistab järjestuse lugemist, mille saame katsest. Kui genoomis on korduvaid järjestusi, näeksid neid piirkondi esindavad tükid põhimõtteliselt väga sarnased (või isegi täiesti identsed) välja. Kahtlemata muudaks see mõistatuse valmimist väga raskeks. Skaala andmiseks on maisi genoom ~ 2,3 miljardit aluspaari ja iga loetud järjestus on <1000 aluspaari.