Küsimus:
Miks oli maisi genoomi dekodeerimine nii raske?
Gabriel Fair
2011-12-24 11:52:25 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Minu kasvanud õpetajad ütlesid mulle, et maisi genoomi on võimatu dekodeerida. Kuid ometi on see tehtud.

Miks oli genoomi dekodeerimine nii märkimisväärne ja mis selle nii keeruliseks tegi?

Kui ma õigesti mäletan: see on tohutu ja sellel on palju korduvaid piirkondi. Korduste * de novo * täpset järjestust on väga raske täpsusega järjestada.
Kaks vastused:
#1
+23
Damian Kao
2011-12-24 12:48:36 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Lühike vastus on see, et maisi genoom on suur ja sellel on tohutult palju dubleerivaid sündmusi. Ligikaudu 80% genoomist kordub. Suure dubleerimisega genoomide kogumine on keeruline, sest meie sekveneerimistehnoloogia võib parimal juhul anda ~ 500 aluspaari. Dubleeritud piirkondade järjestuse väljaselgitamine põhineb tellingute järjestustel või riisi genoomiga võrdlemisel.

#2
+9
chkuo
2012-01-06 00:13:34 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Miks oli genoomi dekodeerimine nii märkimisväärne? Kuna genoomi dekodeerimine annab meile täieliku pildi organismi geneetilisest koosseisust.

Mis tegi selle nii keeruliseks ? Teiste inimeste mainitud korduvad järjestused on peamine probleem. Kujutise abil proovite teha suurt mõistatust miljonite tükkidega. Iga tükk tähistab järjestuse lugemist, mille saame katsest. Kui genoomis on korduvaid järjestusi, näeksid neid piirkondi esindavad tükid põhimõtteliselt väga sarnased (või isegi täiesti identsed) välja. Kahtlemata muudaks see mõistatuse valmimist väga raskeks. Skaala andmiseks on maisi genoom ~ 2,3 miljardit aluspaari ja iga loetud järjestus on <1000 aluspaari.



See küsimus ja vastus tõlgiti automaatselt inglise keelest.Algne sisu on saadaval stackexchange-is, mida täname cc by-sa 3.0-litsentsi eest, mille all seda levitatakse.
Loading...