Etiidiumbromiidi alternatiivid väikeste nukleiinhapete värvimiseks?

Küsimus:

2012-01-03 21:35:28 UTC

Ehkki etiidiumbromiid sobib hästi suuremate üheahelaliste RNA või kaheahelaliste DNA molekulide värvimiseks, ei määri see väiksemaid nukleiinhappeid kuigi hästi. Märkasin, et umbes 20 aluse juures ja allpool on üheahelalisi nukleiinhappeid EtBr-värvimisega raske näha, kui nukleiinhapped ei ole väga kontsentreeritud.

Millised on head alternatiivid väikeste nukleiinhapete jälgimiseks polüakrüülamiidgeelides? Peamine kaalutlus oleks kasutusmugavus ja see peaks olema võimalik ilma ebatavaliste seadmeteta.

Kaks vastused:

harpalss

2012-01-04 00:16:23 UTC

view on stackexchange narkive permalink

Värvide nimekiri on saadaval siin ja nukleiinhapetele omaste värvainete loend on saadaval siin. Ma arvan, et teil on kaks valikut - SYBR Gold nukleiinhappe geeli värvimine (S11494), mida saab tuvastada UV-valguses (pole kindel, kas seda saab kasutada polüakrüülamiidgeelidega). Teie teine võimalus, mida saab kasutada polüakrüülamiidgeelidega, on SYBR Green II RNA geelvärv (S7564, S7568, S7586), seda plekki saab tuvastada ultraviolettvalgusega UV-valguses. See nimetab RNA nime, kuid seda saab kasutada ka ssDNA jaoks. Loodan, et see aitab

bobtheowl2

2012-01-04 07:44:34 UTC

view on stackexchange narkive permalink

Ma arvan, et ka GelRed või GelGreen oleks võimalus. Nad väidavad, et nad on tundlikumad kui EtBr ja kindlasti vähem mürgised (isegi enam kui SYBR Green). Ma pole neid isiklikult siiski nii väikese bp toote vastu kasutanud. GelRedil on põhimõtteliselt samad ergastuse / kiirguse lainepikkused kui EtBr-l, seega pole seadmeid vaja muuta.

Tooteleht

Poe link

Olen kuulnud mitut inimest kurtmas, et GelRed on vähem tundlik kui EtBr. Samuti huvitav ajaveebipostitus EtBr ja SYBR Green toksilisuse kohta: http://rrresearch.fieldofscience.com/2006/10/heresy-about-ethidium-bromide.html.

Huvitav. Ma pole võrdlust teinud, nii et ma ei saa rääkida nii ega teisiti. Kuid ma mäletan, et sarnane artikkel oli kunagi tagasi öeldud sarnase asja kohta (EtBr pole nii hull, kui te arvate, ja SYBR Green pole tõesti reklaamitud "ohutum alternatiiv").

Ei ole olemas sellist asja, et "ohutu" DNA fluorestsentsplekk. Värv toimib DNA nukleotiidide vahelise interkalatsiooni teel ja see jääb sinna. Kui see DNA segment hiljem kopeeritakse või loetakse, põhjustab see vigu. Peale selle interkaleerub keskmiselt üks EtBr molekul ühe kolmest nukleotiidist (1 EtBr / 3 alust). EtBr või muude värvainete signaalitugevus on otseselt proportsionaalne DNA massi ja pikkusega.

ⓘ

See küsimus ja vastus tõlgiti automaatselt inglise keelest.Algne sisu on saadaval stackexchange-is, mida täname cc by-sa 3.0-litsentsi eest, mille all seda levitatakse.

meist - legalese