Küsimus:
Kuidas määratakse geeni piirid?
ghchinoy
2011-12-19 22:16:43 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Milliseid statistilisi protsesse ja meetodeid kasutavad geneetikud / molekulaarbioloogid, et teada saada, kust üks geen algab ja teine ​​lõpeb?

Millele "põhiline" silt viitab?
Ma arvasin, et küsimus oli pigem fundamentaalne küsimus grupi külvamiseks ja seepärast märkisin selle _põhja_. Kui see pole protokoll, eemaldage see julgelt.
@ghchinoy: Märgistasin selle uuesti, eeldades, et see on [metamärgend] (http://blog.stackoverflow.com/2010/08/the-death-of-meta-tags/) (kuigi see on _ küsimus põhipaaride kohta)
Lihtsalt selgituseks: me räägime siin * valke kodeerivatest geenidest, eks? Neid on veel palju, mille meetodid on täiesti erinevad.
@KonradRudolph Kas võiksite ehk viidata teistele geenitüüpidele ja meetoditele? Aitäh.
@ghchinoy Näitena töötan praegu tRNA geenide kallal ja kuna nad kasutavad erinevat polümeraasi, näevad nende promootor ja terminatsiooni sait märkimisväärselt erinevad. Sama kehtib kõigi teiste mittekodeerivate RNA-de kohta ja siis on veel selliseid asju nagu pseudogeenid ja LINEs / SINE-d (neid ei peeta tavaliselt geenideks, kuid nende sarnasuse tõttu mittekodeerivate RNA geenidega raskendavad need analüüsi). Siiski on nende geenide leidmiseks tegelikult bioinformaatilisi meetodeid. Nad kasutavad minu teada valdavalt motiiviotsinguid.
Neli vastused:
#1
+12
agrimaldi
2011-12-20 00:02:46 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Ma tean ainult ühte naiivset lähenemist geeni piiride määramiseks: RACE-PCR. Seal on kahte liiki, 3 'ja 5' RACE, mis võimaldavad leida vastavaid jäsemeid.

Põhjendus on järgmine:

  • Teete tagurpidi huvipakkuva ärakirja transkriptsioon konkreetse praimeri abil. Selles etapis on teil spetsiifiline üheahelaline cDNA.

  • Seejärel lisage cDNA 5 'pikkusesse identsete nukleotiidide pikkus, mida nimetatakse homopolümeerseks sabaks.

  • Lõpuks teostate PCR, kasutades ühte spetsiifilist praimerit ja ühte universaalset praimerit, mis tunneb ära homopolümeerse saba. Võite järjestada oma amplifitseeritud cDNA ja leida 1 bp eraldusvõimega koha genoomis.

3'RACE puhul on kontseptsioon sama, kuid polü-A saba kasutatakse selle asemel, et seda ise terminali transferaasiga genereerida.

Üksikasjaliku protokolli leiate sellest artiklist:

Sambrook J, Russell DW . 2006. 5 ’cDNA lõpeb kiiresti (5’-RACE). CSH protokollid 2006.

Samuti annab vastav vikipeedia artikkel teile üksikasjalikumat teavet igal sammul toimuva kohta, kuid hoiduge, on viga: see on ütles, et 5'RACE puhul lisab terminali transferaas homopolümeerse saba 3 ', samal ajal kui see asub 5'

-1: see võib olla hea lähenemisviis ORF-i piiride nägemiseks (ausalt öeldes ei vaja te alati RACE-d, võib töötada ka lihtne PCR), mitte geeni. Aga promootor ja regulatiivsed elemendid? Samuti, mis on eelis võrreldes järjestusejärgse bioinformaatika lähenemisega?
@nico: nii et teie esitatud määratlusega pole geenil piire.
@nico: Ok, ma näen teie mõtet, kuid ma ei usu, et OP-l oli selline geeni määratlus meeles. Samuti olen täiesti nõus, et uued tehnoloogiad, näiteks RNA-seq, annavad teile genoomi märkuste kohta põhjalikuma vastuse.
võime tundide kaupa arutada geeni õige määratluse üle, kuid ma arvan, et selle üle, et promootor on osa geenist, pole palju arutada. Ja mRNA retrotranskriptsiooni abil ei saa te promootorit.
#2
+8
Gergana Vandova
2011-12-20 00:20:29 UTC
view on stackexchange narkive permalink

On mitmeid tarkvara, milles saate sisestada oma järjestuse (oletame, et kogu genoomi järjestus) ja see võib teie jaoks tuvastada oletatavad avatud lugemisraamid (ORF), st alguskoodonid ja stoppkoodonid. Seejärel saate nende oletatavate geenide abil järjestuse joondada BLAST-i abil ja seejärel skooride põhjal kinnitada, et need on tõesti ORF-id. Kuna see on statistiline lähenemisviis, saate oma tulemusi laboris kontrollida, nagu soovitas agrimaldi.

Kuid * kuidas * määrab see tarkvara geenipiirid? Mida nad otsivad, mis viitab geenipiirile?
Võib-olla tuleks alustada veel ühe küsimusega, milliseid programmilisi võtteid kasutatakse? Võib-olla bioinformaatika märgisega.
@RichardSmith Nad otsivad põhimõtteliselt alguskoodoneid (ATG, GTG), mis määratlevad avatud lugemisraami alguse (ORF), ja stoppkoodoneid (TAG, TAA, TGA), mis määratlevad ORF-i lõpu, ning kontrollivad ka seda, kas aluskoodoni ja stoppkoodoni vaheliste aluste arv on 3 võrra jagatav.
@ghchinoy Jah, see võib olla huvitav, kuid ma arvan, et see pole keerulisem, kui ma juba Richardile selgitasin. Muidugi saate lisada veel mõned "kontrollid", mida tarkvara saab teha, näiteks ORF-i pikkus.
#3
+6
KAM
2011-12-24 18:28:09 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Kui teie eesmärk on määratleda transkriptsiooniüksuse (DNA osa, mida transkribeeritakse) piirid, on ülaltoodud vastus täpne, ehkki paljud inimesed lihtsalt kasutavad homoloogiat kloonitud cDNA-dega, mitte RACE-reaktsioonidega. Selle lähenemise eeliseks on alternatiivsete splaissimisvormide määratlemine samaaegselt.

Kui teie eesmärk on määratleda geeni "otsad", saab seda teha ainult empiiriliselt ja funktsionaalselt, kuna kontrollelemendid (piirid, võimendajaid jne) on informaatika abil võimatu ära tunda ja isegi kui leitakse võimendajaid, pole kindel, et neid võimendeid kasutatakse koos konkreetsete geenidega. Mõne geeni pikkus võib olla miljoneid aluspaare, nii et ka sajad teised geenid on vahele jäänud. Geenipiiride määratlemise "kullastandard" on päästa mutatsiooni funktsiooni kadumise fenotüüp huvipakkuvat geeni sisaldava transgeeniga. Kui organismiks tagasi transformeeritud DNA suudab taastada geeni mutatsiooni metsiktüüpi seisundi, eeldatakse, et selle geeni kõik olulised osad asuvad transgeenis.

#4
+3
AnnaF
2011-12-19 23:04:57 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Üldiselt sekveneerite genoomi ja otsite seejärel vihjeid. Tavaliselt on geenile eelnevad spetsiifilised järjestused, mis aitavad translatsiooniseadmetel teada saada "tere, kus me alustame", samuti piirkonnad, kuhu valgud võivad seonduda ja mida kasutatakse geeni translatsiooni tõhustamiseks või pärssimiseks.

Arvutid saab programmeerida järjestuse otsimiseks ja võimalike kandidaatide kasvatamiseks, et inimesed neid lähemalt uuriks.



See küsimus ja vastus tõlgiti automaatselt inglise keelest.Algne sisu on saadaval stackexchange-is, mida täname cc by-sa 3.0-litsentsi eest, mille all seda levitatakse.
Loading...