Küsimus:
Kui paljudel inimvalkudel on lahendatud 3D-struktuur?
Gergana Vandova
2011-12-23 10:27:46 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Mõtlesin, kui paljudel inimvalkudel on lahendatud 3D-struktuur. Kas on olemas andmebaas, kus on ainult inimese valgud? Vaatasin pdb-d, kuid ei leidnud filtrit.

Ma arvan, et teil on koondamisega palju probleeme, eriti kui soovite teada ainulaadsete valkude arvu.
@GWW Ma arvan, et väikese skripti kirjutamine võib koondamisest lahti saada.
Teil võib olla parem õnne selle küsimuse esitamisel saidil [biostar] (http://biostar.stackexchange.com).
Pange tähele, et „lahendatud“ on väga subjektiivne. Kõik struktuurid pole kvaliteetsed ja mõned neist on eksperimentaalsete vigade tõttu lihtsalt valed.
See on väga subjektiivne küsimus kahel põhjusel: Valkude andmebaas aktsepteerib valkude NMR- ja kristallstruktuure, mis pakuvad erinevat eraldusvõimet ja täpsust. Need struktuurid on ka mõnevõrra subjektiivsed, kuna valk võib omandada erinevaid konformatsioone, sõltuvalt selle asjakohasest bioloogilisest kontekstist. Kolmandaks võib lahusti ekstraheerimine põhjustada ekslikku struktuuri.
paljudel neist valkudest on ainult domeen või kaks lahendatud struktuuridena. loomsed valgud on sel viisil rasked. seal muutub see küsimus pisut raskeks imho.
Neli vastused:
#1
+19
Michael Kuhn
2011-12-23 17:17:45 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Ensembli sõnul on 6405 valku, mis kaardistatakse 5220 geeniga.

Ensembli jaotises BioMart saate välise viitena valida esialgse eelarveprojekti ID. Eksportige tulemused ja lugege ainulaadseid valke / geene, millel on PDB ID.

#2
+12
Aleksandra Zalcman
2012-01-15 06:06:53 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Esialgne eelarveprojekt on hea ressurss sellistele küsimustele vastamiseks, kuna see võimaldab teil filtreerida tulemusi paljude lisaparameetrite järgi. Inimvalkude 3D-struktuuride lugemiseks ja väljavõtmiseks tehke järgmist.

  1. Avage PDB veebisaidi otsingu sakk Advanced .
  2. Valige Biology kood> -> Lähteorganism menüüst.
  3. Sisestage Homo sapiens (inimene) .
  4. Koondamist saate vähendada märkides alloleva nupu Eemalda sarnased järjestused aadressil n% identity .
  5. Esita päring.

Täiendavate filtrite lisamiseks klõpsake nuppu Täpsusta päringut Täpsem otsing . Seal saate struktuure eraldada sadestamise kuupäeva, kvaliteedi (nt. Röntgendifraktsiooniga lahendatud struktuuride eraldusvõime või R-tegurid), ligandide, ensüümide klassifikatsiooni jms järgi (märkides valiku Lisa otsingukriteeriumid )

Inimvalkude otsimine 90% -lise identsusega piiritletud homoloogide eemaldamisega toob 7117 struktuuri. Hea kvaliteediga röntgenvalgu struktuuride (eraldusvõime < 2.5A) arv on praegu 3964 (sama identiteedilõikega).

Seejärel saate alla laadida tõmmatud loendi või luua kohandatud aruandeid (allpool olevad menüüd).

Hea tööriist (mida kasutab ka esialgne eelarveprojekt) mittevajalike valguandmekogumite loomiseks on cd-hit.

#3
+3
GWW
2011-12-23 10:45:18 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Teie kommentaaride põhjal ei tundu, et olete mõne kohandatud skripti kirjutamise suhtes ebasoodne, nii et üks võimalus oleks kasutada NCBI Structure andmebaasi. Saate selle filtreerida organismi järgi ja seejärel tulemused tekstifailina / XML-iga alla laadida. Kui vajate juurdepääsu esialgsele esialgse eelarveprojekti algandmetele, saate seejärel esialgse eelarveprojekti arhiivi alla laadida ja uurida filtreeritud loendis olevaid.

#4
  0
PDB annotator
2015-04-19 10:53:55 UTC
view on stackexchange narkive permalink

PDBe uus otsingusüsteem on mõeldud just sellistele küsimustele vastamiseks http://www.ebi.ac.uk/pdbe/entry/search/index?organism_synonyms:HUMAN&view=macromolecules

näitab, et PDB-s on 6964 ainulaadset inimese makromolekuli struktuuriandmetega.

Muidugi on paljud pigem valkude fragmendid kui kogu molekul.



See küsimus ja vastus tõlgiti automaatselt inglise keelest.Algne sisu on saadaval stackexchange-is, mida täname cc by-sa 3.0-litsentsi eest, mille all seda levitatakse.
Loading...