Küsimus:
Kuidas on teada, et Homo sapiens ja Homo neanderthalensis ristuvad?
Tom
2018-04-20 22:30:03 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Paljud hiljutised artiklid väidavad, et väike protsent neandertallase geenidest (kuni 2%) leidub tänapäeva mitte-Aafrika inimestel. (Usun, et praegu pole vanemate hominiidide, näiteks H. erectus , genoomi genoomi dekodeerimiseks piisavalt geneetilist materjali).

Minu küsimus on: kuidas on teada, et tänapäeva inimesel leiduvad „neandertallase geenid“ on sinna ristamise teel jõudnud? Mis eristab neid geene geenidest, mille mõlemad liigid pärisid ühiselt esivanemalt? Lõppude lõpuks on neandertallased ja H. Sapiens on geneetiliselt identsed üle 99%. Kuidas tehakse kindlaks, et geeni A leidub mõlemas, kuna see pärineb H. erectus , millest mõlemad arenesid; kuid geeni B ei olnud juba H-s. sapiens , nii et see pidi olema tekkinud ristamise teel?

Hea küsimus +1. Väite "Neandertallased ja H. Sapiens on geneetiliselt identsed üle 99%" (ja sarnane väide šimpansi ja inimeste võrdluse kohta) kohta peaksite lugema postitust ["Sama" DNA vs geenid] (https: //biology.stackexchange .com / questions / 20038 / same-dna-vs-genes)
@Remi.b Lugege seda küsimust. See jättis mind väga segadusse. Ma saan sellest kuidagi aru, aga mitte täielikult
Te ei ole leidnud ühestki usaldusväärsest allikast 40% väärtust ja see tähendab, et te pole oma küsimust nõuetekohaselt uurinud, et seda ilma viiteta mainida. Olen redigeerinud teie küsimust, kasutades ülempiirina 2%, mis on kooskõlas mainekate uuringutega, nagu ma vastuses tsiteerin.
@David Mis puutub 40% -ni, siis loen enamasti võhikartikleid, sest kas mul puudub juurdepääs teaduslikele artiklitele või on need lihtsalt palju kõrgemad kui minu palgaskaala. Otsin selle numbri hiljem, kuid arvan, et see ei väitnud, et 40% meie genoomist on neandertallased, vaid 40% neandertallase genoomist võib leida erinevatelt tänapäevastelt inimestelt. Nii et ma väitsin seda valesti. Ma jätan teie redigeerimise. Tahtsin lihtsalt osutada, et veetsin veebist lugemist väärt päevi ja üritasin sellest aru saada.
OKEI. Kolm viidatud artiklit on kõik saadaval tasuta vaadatavas vormingus, ehkki mõnel juhul on see käsikirjaversioonidena.
@David Täname linkide eest. Praegu rohelist raamatut lugedes. Kõrvalepõikena arvan, et osa akadeemiliste tööde probleemidest seisneb selles, et neil on sageli sellised üldnimetused (st „Neandertali genoomi mustandi järjestus“), et otsingumootorid neid ei leia või kui neid ilmub otsingujärjekorda ei tundu see kasutajale (st mulle), nagu oleks neist kasu. Akadeemilised kirjanikud peaksid natuke mõtlema sellele, kuidas nende pealkirjad otsingujärjekorras välja näevad. Kui keegi uurib teemat, näeb ta sageli ainult pealkirja, et teha kindlaks, kas see on asjakohane.
Arvestades teie küsimust, on mõttekas soovitada David Reichi hiljuti ilmunud raamatut [Kes me oleme ja kuidas me siia sattusime] (https://www.amazon.com/Who-Are-How-Got-Here/dp/110187032X/ref = asap_bc? st = UTF8). Reich on olnud üks peamisi arhailiste rahvaste geneetikaga tegelevaid inimesi. Oma raamatus käsitleb ta ristandite tuvastamiseks kasutatud meetodeid veelgi üksikasjalikumalt.
üks vastus:
David
2018-04-22 19:04:51 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Ehkki selles küsimuses esitatakse mõningaid valesid oletusi, on see põhimõtteliselt huvitav, kuna kasutatud metoodika ei ole lihtne ega hõlpsasti mõistetav. See pole minu ala, kuid eriti huvitav on lugeda Greeni jt pika 2010. aasta teadusartiklit. Inimene peab seda tõesti ise lugema (see on vaba vaade), kuid see pole tühine ettevõtmine.

Küsimuses on valed oletused / väärarusaamad

Küsimuse peamised väärarusaamad on järgmised:

  1. et H genoomist on vaja midagi teada. erectus nende järelduste tegemiseks. Kasutatavad meetodid seda ei nõua. (Kuigi mõnikord kasutatakse šimpansiga võrdlust, et anda märku, kas geneetiline muutus toimus inimestel või neandertallastel.)
  2. et arutlusel olevad sarnasused ja erinevused on seotud terviklike geenide erinevustega - „aga geen B oli pole juba H. sapiens … ”. Nad ei tee seda, mis muudab analüüsi jälgimise keerukamaks.

Seletuse poole

Lubage mul alustada küsimusega „Mida eristab neid geene (väidetavalt on need omandanud H. sapiens neandertallastelt) geenidest, mille mõlemad liigid pärisid ühiselt esivanemalt? ”. Vastus on seotud selliste geenide puudumisega Aafrika päritolu tänapäevastelt inimestelt ja asjaoluga, et me teame neandertallaste ja kaasaegsete inimeste (Aafrika ja mitte-Aafrika) üldist evolutsioonilist suhet paljude järjestikuste paleontoloogiliste tõendite põhjal. See on näidatud alloleval diagrammil, mida on muudetud Nielseni hiljutisest ja soovitatud ülevaatest looduses (2017).

Relationship of humans and neanderthals

kaotatud Aafrika elanikkonnalt.

Nii et kui analüüsi ei tehta üksikute geenide kasvu / kaotuse tuvastamise kaudu, siis kuidas seda tehakse? Kindlasti mitte järjestuse üldise protsentuaalse sarnasuse järgi, kuna üldine sarnasus ja populatsiooni varieeruvus on suured. Seda tehakse SNP-de - ühe nukleotiidi polümorfismide -, eriti geenide, uurimisega.

Mõelgem näiteks geenile, millel on neandertallastel ainult üks haplotüüp ja kellel oli algselt inimestel üks, kuid erinev haplotüüp. (See võib määrata midagi sellist nagu silmavärv, ehkki see pole tegelik näide.) Kui teise haplotüübi omandasid inimesed ristamise tulemusena, siis tänapäeva inimpopulatsioon sisaldaks mõlemat alleeli. Kui võrdlesite selle geeni SNP-de suhet erinevate inimeste ning inimeste ja neandertallaste vahel, leiate erinevaid tulemusi kui geeni puhul, mille varianti ei olnud ristamisel saadud. Inimeste omandatud geen oleks rohkem seotud neandertallaste kui omandamata geenidega, kuid vähem seotud teiste inimeste omaga (usun, et see ilmus populatsioonis hiljuti ja aeg homogeniseerimiseks).

Aafrika / mitte-Aafrika aspekti on selgitatud minu sissejuhatuses viidatud teadustöös, kuid Sankararamani et al. , käsikirja, mida saab USA HHS-i kaudu PMC-s vabalt vaadata.

Analysis of Gene Divergence

(1) Saidid, kus Sahara-tagusest Aafrikast pärit paneel kannab esivanemate alleeli ja kus sekveneeritud neandertallane ja testitud haplotüüp (märgitud mitte-Aafrika) kannavad tuletatud alleeli, pärinevad tõenäoliselt neandertallase geenivoolust; (2) Haplotüübi lahknemise mustrid. Genoomsed segmendid, kus testitud haplotüübi lahknemine sekveneeritud neandertallase suhtes on väike, samas kui lahknevus Sahara-taguste aafriklaste rühmaga on suur, on tõenäoliselt introgressiivne.

Need artiklid sisaldavad laia valikut kontrolle, sealhulgas erinevate mitte-Aafrika elanikkonnarühmade võrdlusi ja alternatiivsete võimaluste üksikasjalikku arutelu.

Viimane huvipakkuv punkt on see, et Sankararaman jt. uuriti mõningaid geene, milles need SNPS-id viitavad neandertallase päritolule. Nad kirjutavad: Seega võivad nahka ja juukseid mõjutavad neandertallase alleelid aidata tänapäeva inimestel kohaneda mitte-Aafrika keskkondadega. ”

Coda

See oleks teaduslikult ebaaus, rääkimata mõnest veidrusest. Üks on see, et Green et al. raamatus oletati, et geenivoog oli olnud ühesuunaline: neandertallastelt inimestele, mis on ristamisel ilmselt ebatavaline. Värskem uuring ( Kuhlwilm et al. , 2016) aga näitab inimese geenivoogu Ida neandertallastesse, kuigi mitte Euroopa neandertallastesse. (Aitäh @iayorkile, kes sellele tähelepanu juhtis.) Teine on see, et tänapäeva asiaatidel näib olevat rohkem neandertallase DNA-d kui tänapäeva eurooplastel. (Seda arutatakse Greeni juba mainitud artiklis jt. )

+1 Sellel on nüüd palju mõtet. Ma olen segaduses, kas see on seotud täielike geenide erinevustega. Kas räägite sellest, et * geenid * on olemas, kuid nende * geenide * erinevad alleelid? Sest sellest saan aru. Oleksin ehk pidanud oma küsimuses ütlema "alleelid". Või peate silmas midagi muud?
Ma mõtlen, et seal on samad geenid, kuid neandertallastel on alleele, mida enne segamist inimpopulatsioonis ei olnud. Ma olin mõelnud, et saaksin oma vastuse täpsustada ja teen seda nüüd.
* Üks on see, et geenivoog näib olevat ühesuunaline: alates neandertallastest inimesteni. * [Iidne geenivoog varauusaegsetest inimestest ida-neandertallastesse] (https://www.nature.com/articles/nature16544)
@iayork - aitäh, et osutasite sellele. Olen vastavalt oma vastuse täiendanud. Tõstke ka muid punkte, mida tunnete, et ma pole piisavalt õigesti ega selgelt käsitlenud. Minu arvates on see küsimus huvitav, kuid see pole minu eriala.


See küsimus ja vastus tõlgiti automaatselt inglise keelest.Algne sisu on saadaval stackexchange-is, mida täname cc by-sa 3.0-litsentsi eest, mille all seda levitatakse.
Loading...